分子标记辅助育种：利用分子生物学手段在传统育种程序中直接对目标基因或与目标基因紧密连锁的分子标记的基因型进行分子选择。或在回交、多重回交程序中，对多个目标基因型进行分子选择，实现基因聚合、基因渗入。通过前景选择和背景选择，获得目标基因型纯合、遗传背景一致、综合农艺性状优良的品系。

策略多样化：
如  构建单片段代换系文库，把文库作为分子育种的平台，也可开展设计育种。
        1 在对代换片段进行基因（QTL）鉴定和定位的基础上，筛选出一批在品质、抗性等方面比受体亲本更优良，产量与比亲本高的单片段代换系。
        2. 通过基因聚合，在原有亲本基础上把多个优良基因聚合在一起，培育出比亲本更优良的新品种。