真菌基因组测序,一般采用二代、三代或二代+三代高通量测序技术,通过高深度测序和生物信息分析,获得真菌基因组的序列、编码和变异等信息。依照是否有近缘参考基因组和不同的信息分析策略,分为真菌De novo测序和真菌重测序。
真菌De novo测序
真菌 de novo测序,是基于高通量测序数据对真菌基因组进行从头组装的方法。基于组装结果,我们可以预测真菌基因组中所包含的基因,并通过功能数据库比对获得基因的功能信息。
真菌基因组重测序
真菌重测序是基于高通量测序数据,与同物种或近缘物种参考基因组进行比对检测变异的方法。通过重测序可以获得目标基因组的变异信息,进而解读基因组序列变异与性状差异的关系,同时还可以解析物种基因组进化。
技术参数
服务名称 |
测序平台 |
测序策略 |
测序周期 |
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真菌 De novo测序 |
真菌框架图 |
HiSeq PE150 |
350bp 文库 |
45个工作日 |
真菌精细图 |
Pacbio RS II测序 |
SMRT Bell文库 |
75个工作日 |
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真菌重测序 |
HiSeq PE150 |
350bp 文库 |
35个工作日 |
样品要求
1. 样品类型: DNA
2. 样品需求量:Illumina,300-500bp小片段文库≥ 3µg,2-8kb大片段文库≥10ug。
3. 样品浓度:对于小片段文库 ≥ 50ng/µL;大片段文库≥100 ng/µL。
4. 样品纯度:OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解,无污染。
5. 样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输。